Kernavo telmologinis draustinis apima stambų pelkių kompleksą Rūdninkų girios viduryje. Draustinyje telkšo apvalios formos seklus Kernavo ežeras, iš kurio išteka Kernavės upelis, nešantis savo vandenis į Visinčią. Ežerą praktiškai iš visų pusių supa pelkės. Didžiausia pelkės dalis (aukštapelkė) plyti vakarinėje draustinio dalyje, tarp Kernavo ežero ir Rūdninkų karinio poligono teritorijos. Pačiame vakariniame pelkės pakraštyje, netoli poligono, yra nuostabaus grožio Šulnio ežeras, kurio vingiuotos pakrantės, supamos pelkinio pušyno, yra viena vaizdingiausių šio vertingo gamtos kampelio vietų.
